清单组价与实际结算的问题？

        08清单，投标报价里 一条清单套了几条定额，但是在实际施工过程中，有一条定额没有发生。结算应该是要扣除的， 比如 清单 钢梁安装套了3条定额 1：制作 2：成品运输 3：安装实际上改在 现场制作，没有运输这一项 结算时是要扣除 2：运输 所套定额的价格的。 但是乙方说虽然没有发生运输，但是所报的清单组价是综合单价，其他价格较低，应该认可的是清单是综合单价，不应该扣除。

     但是这条清单已经改了做法，运输没有发生所以是要扣除的。

我认为清单综合单价是应该不变的，故不建议扣除运输费用。