一个工序（砼）被分解为三个工序（毛料开挖、搅拌、砼浇筑养护），甲供材三次计取间接费

南水北调工程中，大坝加高工程由A和B两家施工单位施工，主要工作均为：1、毛料开采和运输；2、毛料筛分和混凝土搅拌；3、混凝土浇筑及养护，其中毛料和水泥均未甲方购买和提供，根据施工合同均在报价中计入直接费计算间接费和其他费用，以及税金。现在将A单位一部份混凝土浇筑拿出来，分解成上述三个工序，其中A单位完成1,3两个工序；B单位完成第2个工序，在竣工结算中，A单位因完成两道工序将毛料分两次放入直接费取费并计税，将甲供水泥在3工序中计入直接费计费并计税；B单位将毛料价格及其A单位的毛料开采运输费用计入其直接费计取费和税，同样将甲供水泥计入其直接费计取费和税金。在上述整个工序中甲供毛料和水泥由最初的一次计入直接费取费并计税，变更为毛料三次和水泥两次计费并计税后扣除。这项变更涉及金额九千多万，变更中未明确甲供材是否进入直接费进行取费和取费次数（税金每次也都随之计取），这一个完整工序经过变更变为三道工序后甲供才也因此增加两次（毛料）和一次（水泥）取费。请大家提出各自的看法，谢谢！我们自己也找过相应依据，在甲供材是否参与取费的问题上除了合同中有规定执行合同外，没有规定时的处理办法均未协商，但多次取费和计税却是第一回遇到，我们也听说