钢管桩变更的问题

疑问：

有一个公园栈道桥项目，原施工图做法：基础及柱打钢管桩（统一暂定打入深度12米）、桥面钢梁结构、面层60mm厚预制钢筋混凝土板面贴石材。招标时，工程量清单是按桥面投影面积计算（所有工作内容综合成一个清单以面积计算），投标时，由于投标人员未对工程量进行复核，套价时将钢管桩及钢梁结构的定额工程量报得很少，导致该清单综合单价很低。在施工过程中，该项目发生设计变更：1、钢管桩长度根据打桩要求和打桩记录按实计算（实际比暂定长度短）；2、面层“60mm厚C30预制钢筋混凝土板面贴石材”改为“增加楼承板（压型钢板）上现浇100mm厚C25钢筋混凝土面贴石材”。变更、结算计价时，我方认为，由于钢管桩长度及面层均发生了变更，该项目已经发生了实质性改变，原清单已经不再适用，应重新计量组价，但审核方认为该项目只是部分内容发生改变，应按类似项目调价，只调整面层的价格。请问，该种情况应如何进行计价结算？