施工总价合同、GF-2017-0201示范文本及2013清单计价规范不同的问题

请教各位专家一个问题，采用工程量清单计价（工程量由第三方造价公司提供）、公开招标方式选择中标施工单位，签订的合同是固定总价合同（部分材料有材料暂估价明细表），合同协议书中约定工作内容为“施工图纸及工程量清单全部内容（有特殊说明的，按说明执行）”，其中约定了材料价格波动5%的调整方式，还约定风险以外合同价格的调整方法，执行GF2017-0201通用条款相关规定，在实际履约过程中发生如下问题，我的处理方式如下，是否有不妥，请各位专家批评指正。

1、工程量清单存在缺项、漏项问题：

个人处理方法：根据合同中对工作内容的约定，对合同缺项、漏项的内容应是有经验的项目经理在投标报价阶段能够考虑到的，因此对工程量清单、漏项问题不予考虑。

疑问：依据施工合同约定，总价包含的风险范围“按2013清单计价规范”执行，风险费用的计算方法“按2013清单计价规范”执行，风险范围以外合同价格的调整方法“执行通用条款”。但在2013清单计价规范9.5工程量清单缺项中约定“合同履行期间，新增部分分部分项工程清单项目按照9.3.1确定单价，并调整合同价款”，对于合同中约定的“2013清单计价规范”和“GF2017-0201通用条款”矛盾问题的处理应以谁为准？

2、工程量清单数量偏差问题：

个人处理方法：清单工程量是建设单位应承担的风险，因此对于增减变化按照“2013清单计价规范”15%幅度变化的执行，工程量变化幅度未超过15%的不进行工程量清单偏差调整，超过的不进行调整。

疑问：本合同为施工总价合同，施工单位投标时应对清单工程量进行核实，而且本合同内容为“施工图纸和清单工程量全部内容”，不应进行调整，对于二者之间的矛盾该如何处理？

 一直很模糊，请各位专家批评指正。