合同计税11%，竣工结算开票只能开9%。合同计税9%，开票只能开3%，如何处理？

1、工程合同计价税率为11%，结算审计报告的税率也是11%，但是等工程审计完成后，税率已经调整为9%，现在施工单位办理尾款时开不出11%票，只能开9%的票，计价税率11%>实际税率9%。

这种情况要双方协商，最好的处理办法是以税前价来定造价，前期开过11%的票的按11%，后期开9%的票的工程款以税前价来定开票额度。

2、还有一种是工程合同计价税率9%，但是因双方签订时没注意到施工方为小额纳税人，工程结算因施工方只能开3%的增值税专用发票，计价税率9%>实际税率3%。

这种情况，不仅仅看税率不同，计价体系也不同。按9%计税时，定额人、材、机是除税价；按3%计税时，定额中的人、材、机应该是含税价，总体来说造价差别没那么大。双方可以协调是按3%来重新组价还是按直接按现有办法计价。