总价包干金额扣款

1. 包干价清单明细中的综合单价费用组成中，有部分甲供材计入了费用，有部分乙供材或人工费/机械费用没有计入费用，在结算中甲方要求扣减甲供材计入了费用同时乙供材未计入费用不增加；施工单位的意见为不增加也不扣减，请问哪种处理方式合理公平一些？
   

2. 包干价清单明细中自来水安装不属于总包范围，但是计入了费用，实际由甲分包施工，甲方要求扣减，这中处理方式合理吗？

  3.  包干价合同约定工程量不予调整，在中途施工过程中签订了补充协议，仅对钢筋模板混凝土做出了调整，按实结算 ，在结算时增加了一部分二次结构混凝土，甲方要求扣减原包干价中的砌体工程量（增加多少就扣减多少），结算时二次结构的布置方式与包干价一致，图纸或方案等均未发生变化，请问甲方这种处理方式合理吗？