中标单位的投标文件是否会作为财政或者审计单位审查的参考依据文件

施工单位在投标报价文件中的编制说明里注明了100W暂列金，但是由于是电子标生成错误导致施工单位在进行清单报价时也未填报暂列金金额，评标专家在评标过程中为发现该问题，后来该单位中标，（后咨询律师中标单位是按电子招标工具中的清单报价，不属于废标）建设单位和施工单位在签订施工合同时也未列明100W暂列金，现在业主想要拿回100W暂列金，如果在中标单位同意的前提下，签订补充协议，合同金额扣掉100W暂列金，报价整体下浮，中标单位重新提供调整后的投标函及报价文件，请问该方案需要先向同级主管财政部门报备同意后在执行吗，该方案执行后对后续的工程结算有影响吗。