其他管理费有没有包括增值税的补偿

 由于设备千差万别，同一种设备国产进口区别悬殊巨大，设备费及3万以上的苗木不进直接费取费基数，计取其他管理费，由甲乙双方协商，参考费率为2%，但发承包双方可不局限于参考费率。其他管理费不是材料或设备的采保费（材料或设备的采保费由双方协商或按相关文件计取），其他管理费是为了补偿企业安全生产管理、招投标、保函、造价咨询、附加税等公司管理费用而计取的相关费用。

也就是设备费和单株超过3万苗木，计取了2%其他管理费，那么（设备费和单株超过3万苗木+其他管理费）*9%（增值税），最终不是亏了吗，同时其他管理费有没有包括增值税的补偿？