关于主材税率和施工税率不同该怎么取费设置？

信息化项目工程施工费增值税税率9%，涉及的主材税率13%（合同约定了施工和设备的不同税率，且合同清单内的主材价为13%含税价），那么在用广联达gccp6进行造价计取时
1、在取费设置里，税率按默认的9%计取。而在填写主材价时按合同清单价填写，是不是在收取了设备含税价的基础上，再次计取了9%的税？让甲方多出了钱？
2、如果主材价按合同清单价÷（1+13%）=主材除税价，用除税价计入主材价，然后整体按9%计税，则主材实际计算价格为除税价×（1+9%），合同清单价与系统计算含税价会不会相差4%？对施工单位或供应商来说，是不是少了4%的合理收费？
举例：
合同清单内，交换机为1130元/台，税率13%，并注明了用广联达gccp6记取施工费，施工费税率9%，则设备除税价1000元/台，广联达gccp里主材价按1000元填入，取费设置里9%的税，则主材含税价为1090元/台，在清单计价中，主材价与合同清单价不符，且如果按1000填入，供应方会损失40元/台

请教各位专家，怎样设置、填写，才是合规、合法、合理的方式，既保证施工方的合理利润，又保证甲方资产不流失？