epc模拟清单清标跟审单位如何控制，请各位造价前辈多多指教

请问老师下几个问题我这还是不太懂‘某项目采用初设编制模拟清单招标项目，工程总承包施工设计一体，作为全过程跟踪 1、在过程中清标，施工单位上报漏项缺项，是否能算入清标价款内，2、工程量是否在清标过程中确定？ 3、对于招标中未出现的项，例如地基强夯，因施工方送审设计含该部分内容，清标是否能计入？现阶段施工单位报送的图纸和预算完全跟招标初设做法对不上，大部分都变更，是否合理，例如招标清单屋面70厚聚苯乙烯板，清标上报设计图纸和预算就变成90厚挤塑聚苯乙烯板（XPS）（B1级），然后价钱就往高的报，其他均参该条，想问问老师作为跟审单位，如何控制，现施工单位贴着概算报，超中标预算50%。