工程决算遇到的问题

我经历了这样的一件工程：一、合同签订的是总价包死，合同价款为中标价，合同约定对于单项单子目的变更，根据投标报价清单进行调整，合同约定施工范围为图纸所包含内容。二、这个工程在实际施工过程中，由于甲方代表对合同内容的不了解，和对报价清单不知情，乙方在施工过程中有很多项目并没有按照图纸来做，比如图纸约定为双层玻璃作为了单层玻璃。但也有些做法是甲方提出不让做的，如原图纸要做地梁，现要求这部分不做了。三、这些和图纸中不一样的地方都没有现场签证和变更 请问：在竣工结算时候，对于这部分内容，应该怎么处理，其中的做法变更有的对甲方有利，有的对乙方有利。特别提出的是，我们的工地没有监理，设计图纸是请私人设计。