计价的问题

请问：现有2013年6月底按清单报价中标的保温地面工程。 中标时的工程做法为：1. 70厚细石砼面层，内配双向钢筋Φ8@200，随打随抹光；2. 20厚1:3水泥砂浆找平；3. 0.2厚聚乙烯薄膜隔汽层；4. 200厚挤塑板XPS绝热层；5. SBS防水卷材一层；6. 20厚1:3水泥砂浆找平；7. 100厚砼预制板；8. 砖地垄墙架空层800高；9. 150厚砼垫层；10. 150厚灰土垫层。 实际施工时，有些做法做了变更（有甲方签证）：1.变为100厚细石砼面层，内配双网双向钢筋Φ8@150；2..不变；3.有些部位取消该层，该项实际量少于投标时工程量；4.有些部位取消该层，实际量少于投标时工程量；5.有些部位取消该层，实际量少于投标时工程量；6.有些部位取消该层，该项实际量少于投标时工程量；7.100厚砼预制板钢筋由Φ10改为Φ12；8.有些部位砖地垄墙架空层增高，该项实际量多于投标时工程量；9.有些部位150厚砼垫层改为190厚，该项实际量多于投标时工程量；10.取消。 结算时甲方要求在原投标报价的基础上，加减工程量及计价，就本工程的实际情况，在软件中如何处理才恰当。谢谢

问题补充：请高手指点一下，该工程如何结算，在软件中如何操作