独立基础钢筋的问题

一个工程的基础是独立基础，独立基础之间用基础连梁连接，独立基础有两种情况，一种是一个承台500mm高，一个是由两个承台，下面是400mm高，上面是300mm高，独立基础的底标高是-2.5m，地上是三层的框架结构。我想请问，如果基础（包括短柱部分）设为基础层，那么独立基础上的短柱作为框架柱在基础层画上吗?这样可以吗？但是我这么做了，就是短柱的纵筋长度不对。它把基础短柱和一层加起来作为一层来计算。如果不在基础层中画短柱，在一层把短柱的底设为基础层的底高。这样基础连梁有怎么能画到基础层里，因为基础层没柱子。请高手解答。