关于施工总承包还是专业承包的提问

我是辽宁锦州地区某县的，有个工程2009年施工并竣工的工程，工程内容是老楼翻新和几个新建的防保站（建筑面积200-300不等），老楼翻新包括内外墙装饰，内外门窗一些拆除屋面保温防水，水暖电器安装，反正是主体没扒其他的全维修翻新了，都是由我公司独立完成，施工合同为工程总承包。现在决算审计时，说新建的给按照总承包取费，其他的按照专业承包取费，他们这么说是不对的，你认为都应按照总承包费率取费，他们说要是我找到依据就按照我的决算。这依据就是你们甲乙双方签订的“施工合同为工程总承包”，这就是依据。合同是不能改变的。