关于甲供材的取费及扣除问题

本人所在工地有此种合同： 我公司结算价为税前下浮n点。其中钢筋、混凝土为业主供应，执行当地某月指导价。 在结算过程中，我公司发现在甲供材参与取费并按照合同规定下浮后扣除甲供材预算价（即指导价），则我公司需要拿施工费贴补业主供应的主材费，具体可见下述描述： 甲供材按照定额规定取费费率（税前费率）约12%，而下浮（让利）为14%，及如果甲供材为100元，则主材扣除费用为：100*(1+12%)*(1-14%)-100=-3.68元，即每100元的主材费我公司要贴补3.68元，请问是否合理，如果甲供材不参与取费是否合理（这样对我公司有利，至少不用为甲供材贴补费用），对于上述情况有没有国家有没有硬性规定？ 另外在某些合同中，下浮10%，则主材取费又是合适的，则又应该如何处理？