工程量清单重新组价，那管理费率与利润率是否允许调整？

我为审计方。审一个平基与基础工程的结算。 清单计价。重庆08定额。 其中桩基础超深太多，按投标时的综合单价，施工单位完全做不下来。因此双方在结算时签署了一个补充协议，允许变更综合单价，估价原则按《施工合同》的估价原则执行。 合同的估价原则：合同中工程量清单没有适用的单价，按《**清单计价规范》、《市费用定额》、《市建筑定额》等的规定计算；安全文明施工专项费用按**文件执行；人工单价按30元/工日集散；乙供材的单价，按投标时的材料价格执行，如清单中没有，按《造价信息》平均价执行。 我想问的就是：举例说，投标时考虑挖8m深的桩现在挖深为12m，当时管理费率和利润率考虑的是12.47%和4%，那现在除了组价里把定额考虑为实际收方的深度外，管理费率和利润率是否需要调整？