请教关于中标清单综合单价

现在做的一个项目，有两层地下室，边坡有支护桩和混凝土护坡，基础下有基础桩、桩承台和筏板。基坑大开挖和边坡支护部分，单独和业主签了一个合同，似乎没有经过招投标直接就做了。地下基础及地上主体部分另有中标清单和施工合同，中标清单中不包含基坑开挖和边坡支护的工作内容。请问，基坑大开挖和边坡支护中的挖土方及支护桩，是否应当参照中标清单中的挖土方和基础桩中标单价吗？支护桩和基础桩均为混凝土灌注桩。支护桩直径为600，基础桩直径为1000，差别很大。合适吗？另外土方如果自己组价的单价因为有签证运距，比中标清单挖土方单价高多了。是否按照清单计算规则，相同的参照相同的，类似的参照类似的。