本项目中标通知书是下浮3.6%，结算是材料调差下浮问题

合同没有约定，应按计价规范上面的相关条款(或当地造价管理部门规定调整)。

问题1：合同没有约定情况下，原清单组价部分结算材料调差部分金额是否也按中标通知书下浮3.6%？

            一般按当地造价管理部门规定调整

问题2：结算时新组价部分总造价是否也要按中标通知书下浮3.6%？

           新组价清单应按招标控制价口径组价后下浮3.6%。

问题3：施工过程中增加的专业工程（如钢结构、地坪漆、室内精装修（造价约3500万）、园林景观工程等）， 

             以上新增专业总造价是否也按中标通知书下浮3.6%？

            这应该是属于合同外内容，应另行订立合同。如果双方都认可，也可按此结算。

首先要看你投标时候是否有报价预算（商务标）？

如有：

1、核对：中标预算书造价/招标控制价的比率是否已经下浮了3.6%，如是，后期结算时，清单单价则不做调整。

2、第二个问题：原清单组价没有的项目重新组价，其材料价格应尽量采用投标时的材料报价，组价后的价格时需要按照3.6%下浮的。

3、第三个问题：增加了专业，是否增加了合同以外是内容？如是，则报价部分全部都要下浮3.6%。

以上是我根据你的述说后理解性解释，具体如何办，还需自己吃透合同来解决。