关于审计直接审核甲方指定分包结算，是否违规？

有一个工程，桩基分包工程投标时以265元/米暂定综合单价装入总承包包投标书中，总承包单位投标时按照山西2005定额记取了桩基分包工程组织措施费和规费、税金。可是在总承包单位中标后，建设方已经在合同中明确指定当地一家桩基分包单位负责施工，指定桩基分包单位与总包签订分包合同，分包合同中明确暂定综合单价为265元/米，待工程竣工后以审计审核为最终结果，可是过程中财政审计直接把桩基分包结算审核完毕并出具分包审计报告，总包单位感到困惑的是：1、桩基为总包单位i的分包，审计不能直接对总包的分包单位；2、清单中已经明确桩基为暂定综合单价，审计单位只需审核桩基的综合单价就行，然后总包单位以审核后的综合单价记取措施费、规费和税金；3、桩基单位作为总包单位的分包，总包单位最终要跟桩基办理结算，而不是桩基拿着审计审核后的桩基报告要钱，毕竟桩基审核报告中包括了综合单价、规费、税金和措施费，总包单位认为审核后的规费、税金和措施费都应该扣除，不应该给桩基分包单位。不知道我这样的想法是否正确，审计在过程中是不是违规。