关于新增项目是否要取费的问题

我方跟甲方签的是固定总价合同，合同中约定。因设计变更、现场签证等因素造成的合同价款增减费用计算即结算方式如下： (1)合同中已有适用于变更工程的综合单价或工程量，按合同已有的综合单价或工程量调整合同价款。 (2)合同中只有类似于变更工程的综合单价或工程量，可以参照类似综合单价或工程量调整合同价款。 按合同综合单价本身就取费了。 (3)合同中没有适用或类似于变更工程的综合单价或工程量，按2009年《某某省建设工程工程量清单计价定额》及截止2011年12月1日的相关配套文件进行结算，综合费、税金按定额计取，不计措施费和规费。其中主要材料价格按合同中的材料单价执行，合同中没有的材料价格由乙方申报经甲方审批后进行调整。 不计措施费和规费。其他费要取。 (4)施工过程中发生的变更、签证不计规费、措施费。 现在我有份设计变更，是某一个房间变更，原这个房间天花为裸顶为乳胶漆，墙面为瓷砖，地面也是瓷砖，现在变更为天花为轻钢龙骨吊顶乳胶漆，墙面瓷砖变更为另一种瓷砖，地面也是石材，清单有轻钢龙骨吊顶乳胶漆这个清单项，而石材单价投标清单没有些项目也没有相似的，瓷砖是甲方重新认价的；问题是我现在整个设计变更报价中 新的石材组价也取规费和措施费了，审计说根据合同约定第3条，该项清单不应该取费，得扣除该清单取费，他的说法对吗？如果对，该怎么个扣法？ 请老师指导。 这些都是材料变更，安装费是不变的，只要更换主材，该取的费都要取。审计说的不对，第三条指：“合同中没有适用或类似于变更工程的综合单价或工程量”，这些是材料变更，项目、工程量都有。