结算计价软件是营业税3.477，施工单位开的发票是9%增值税，结算应如何处理

请问老师，有个项目投标时是营改增之前，是营业税，投标计价软件中计取3.477的税金，施工期是2019.6-2023.05，现在结算报过来的软件也是营改增之前的版本，计取3.477的税金，但是实际施工单位提供的发票，实际是开的9%的增值税，现在我有两个问题：

1.税金应该是按实际交的给吗？那现在9%的税肯定会比3.477%的税高，作为审计单位，是否直接按9%开的发票给钱？但是营业税和增值税是两个不同的概念，是不是营业税要进行换算再与实际开的增值税进行对比，然后按实给费用？营业税如何换算成增值税呢？