关于洽商取费

我方与甲方签的是固定总价合同，合同约定因设计变更、现场签证等因素造成的合同价款增减费用计算即结算方式如下： (1)合同中已有适用于变更工程的综合单价或工程量，按合同已有的综合单价或工程量调整合同价款。 (2)合同中只有类似于变更工程的综合单价或工程量，可以参照类似综合单价或工程量调整合同价款。 (3)合同中没有适用或类似于变更工程的综合单价或工程量，按2009年《某某省建设工程工程量清单计价定额》及截止2011年12月1日的相关配套文件进行结算，综合费、税金按定额计取，不计措施费和规费。其中主要材料价格按合同中的材料单价执行，合同中没有的材料价格由乙方申报经甲方审批后进行调整。 (4)施工过程中发生的变更、签证不计规费、措施费。 现在我方接到甲方的一份设计变更单，因某一房间天花为裸顶乳胶漆，地面和墙面都是瓷砖，根据设计变更要求，天花为轻钢龙骨石膏板吊顶乳胶漆，地面为石材，墙面的瓷砖材料变换，现的问题是轻钢龙骨吊顶原投标清单有，而石材原清单没有这一项，需重新组价，因是整个房间变更，我需做的项（包括新增石材）都取费了，现甲方审计说根据合同约定新增组价不计规费和措施费，要扣减石材综合单价的规费和措施费，他的说法对吗？如对，怎么扣减石材的规费和措施费？